三明真菌研究所创建于1962年,是国内成立最早的真菌专业研究机构之一,创立之初名为“福建省三明地区真菌试验站”,即当时的福建省生物研究所二部,1978年,改称为“福建省三明市真菌研究所”,主要从事野生真菌资源普查与驯化、食用菌遗传育种、高产栽培技术、病虫害防治、生理生化研究、真菌新药研制和保健品的研发等。