国家菌草工程技术研究中心是依托福建农林大学建立的中国唯一的国家级菌草技术科研平台（下称“国家菌草中心”），现有固定人员110人，客座人员36人，拥有较强的菌草工程技术力量及较完备的产品研究开发条件，与国内外科研院所、企业建立了广泛的合作关系。2011年12月30日，国家科技部批准依托福建农林大学组建国家菌草工程技术研究中心（下称"国家菌草中心" )；2016年2月25日， 国家菌草中心通过了国家科技部验收。目前，国家菌草中心实行管理委员会领导下的中心主任负责制，由国内外专家组成的工程技术委员会是管理委员会技术和政策咨询部门。国家菌草中心现有固定和管理人员110人，流动（客座）人员36人，拥有仪器设备184台套，拥有较强的菌草工程技术力量及较完备的产品研究开发与中试条件，与国内外科研院所、 企业建立了广泛的合作关系。

国家菌草中心充分依托福建农林大学作物遗传育种、作物栽培、微生物学、食品科学与工程、农产品品质与安全、生物工程技术、农业生态和生态学等学科优势，为国家菌草中心的科学研究、人才培养和产业化应用提供支持。目前，国家菌草中心在菌草科学研究与应用均处千国内外领先水平。

中心的目标为建成一流的菌草工程技术研发平台、一流的人才培养基地和一流的合作与服务平台。通过技术创新、工程化和技术集成，成为我国菌草行业的领军者和技术创新的源泉。通过承担国家重大科研项目，开展国内外技术合作交流，培养一批具有生产实践能力的、高素质的菌草工程技术人才，形成菌草工程技术研发的持续创新能力，促进行业科技进步和菌草新兴产业快速发展，同时服务科技扶贫与援外工作。

菌草技术是一项成熟和优秀的农业技术对外援助项目。已在13个国家建立示范基地或中心，举办了174期国际培训班、为105个国家培训了近7000人，7国元首访问福建农林大学，技术被翻译成15种文字。与埃及、马来西亚、韩国、荷兰等40多个国别的政府部门、大学、科研机构建立了合作关系；举办了16届国际菌草产业发展研讨会和论坛；到巴西、埃及、墨西哥等国举办学术讲座；接收各国的专家学者作为访问学者或客座教授开展合作研究；为发展中国家提供留学生奖学金。